https://example.com/hoge()pi
のようなリンクがある時、ナイーブに
[title](https://example.com/hoge()pi)
としてしまうと、titlepi) のようになります。
表示も期待値ではないし、リンクも正しくありません。
そんな時は URL 部分を パーセントエンコーディングしてあげると良さそうです。
今回の例で具体的に言うと、
(
->%28
)
->%29
のように変換してあげます。
その他の定義は MDM 等をご参照ください。
すなわち、
[title](https://example.com/hoge%28%29pi)
のように記載してあげると、title となり期待値通りになります。